基于氨基酸組成分布的蛋白質(zhì)同源寡聚體分類研究

基于一種新的特征提取方法--氨基酸組成分布,使用支持向量機(jī)作為成員分類器,采用"一對(duì)一"的多類分類策略,從蛋白質(zhì)一級(jí)序列對(duì)四類同源寡聚體進(jìn)行分類研究.結(jié)果表明,在10-CV檢驗(yàn)下,基于氨基酸組成分布,其總分類精度和精度指數(shù)分別達(dá)到了86.22%和67.12%,比基于氨基酸組成成分的傳統(tǒng)特征提取方法分別提高了5.74和10.03個(gè)百分點(diǎn),比二肽組成成分特征提取方法分別提高了3.12和5.63個(gè)百分點(diǎn),說明氨基酸組成分布對(duì)于蛋白質(zhì)同源寡聚體分類是一種非常有效的特征提取方法;將氨基酸組成分布和蛋白質(zhì)序列長(zhǎng)度特征組合,其總分類精度和精度指數(shù)分別達(dá)到了86.35%和67.23%,說明蛋白質(zhì)序列長(zhǎng)度特征含有一定的空間結(jié)構(gòu)信息.

作 者： 施建宇 潘泉 張紹武 程詠梅 SHI Jian-yu PAN Quan ZHANG Shao-wu CHENG Yong-mei   作者單位： 施建宇,潘泉,程詠梅,SHI Jian-yu,PAN Quan,CHENG Yong-mei(西北工業(yè)大學(xué)自動(dòng)化學(xué)院,西安,710072)

張紹武,ZHANG Shao-wu(西北工業(yè)大學(xué)自動(dòng)化學(xué)院,西安,710072;西北工業(yè)大學(xué)生命科學(xué)院,西安,710072) 

刊 名： 生物物理學(xué)報(bào)  ISTIC PKU 英文刊名： ACTA BIOPHYSICA SINICA  年，卷(期)： 2006 22(1)  分類號(hào)： Q617  關(guān)鍵詞： 氨基酸組成分布   二維主成分分析   支持向量機(jī)   同源寡聚體  

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